中国交通运输协会联运分会秘书长李牧原对此表示，运输部门之间缺乏协调配合，各有各的经营模式，各有各的利益诉求，很难有大家都认同的合作机制，这也是制约多式联运发展的一个重要因素。“当这个问题谈不好的时候，想谈联网，想谈合作，那都是空谈。而没有一个合作意愿，没有一个合作的基础，没有一个合作的机制，就算设施设备都联上了，恐怕也没用。”
    再者，便是缺乏统一的信息平台。由于信息技术落后,　信息系统不完善,　导致地区与地区、部门与部门，以及各运输环节之间信息传递不及时。据了解，目前我国水路集装箱管理中已经普遍开始使用EDI　系统（集装箱多式联运不可缺少的管理手段，能快速、安全、简便地完成集装箱多式联运的单证传递，可以节约大量的人力、物力和财力），而铁路和公路还尚未全面使用，这就很难形成一个完整的多式联运管理信息系统。
    当然，技术只是一方面，关键还在于观念等更深层次的问题。对此，天津港务集团有限公司集装箱业务部副部长孔维东表达了自己的看法：“有些东西，不见得技术多么超前，但是要具备客户的需求。我在和客户交流中发现，有时并不需要多么高新的技术，解决需求就可以。现在铁路的信息技术已经很完善了，就是一个结合的问题。这些信息能不能公开，可能涉及到运输方面的机密等。我个人认为，铁路部门应站在行业的角度来看问题，从大局出发，不局限于一己之利，比如是否可以有条件地放开信息？相信这样能为彼此带来更大的效益。”“铁路系统的信息不对称，海运公司承接业务以后，铁路的信息系统很难和海运公司的信息系统对接，造成海运企业对于货物的动态难以查询。这也是信息交流不畅的一大诟病。”南青集装箱班轮有限公司副总裁李由明也对此表示。
    另外，地区发展不平衡、企业综合实力不足、诚信体系不完善、价格机制衔接不畅等因素也都成为制约联运企业联网合作的短板。如何破题
    该如何有效推动多式联运企业的联网合作？
    在记者看来，当务之急是加快多式联运基础设施建设。鉴于铁路在部分地区和线路运力还较紧张，内陆集装箱中转站缺乏，现有设施陈旧。铁路部门应加大政策扶持和资金投入力度，推动铁路运能的提高。交通设施的配置还要在充分发挥市场基础性作用的前提下逐步优化，具有全局意义的交通运输大通道仍是设施配置的重点。同时，大力推动交通科技进步，提高技术装备水平是发展我国多式联运的重要任务。如此，才能使多式联运供需趋于平衡，运能运力逐渐匹配，在强化联网合作的基础上促进多式联运的发展壮大。
    当然，改变管理体制，加快多式联运系统的建立及系统间的协调和配合，也是推动多式联运企业联网合作的重中之重。我国政府运输管理部门的多头设置，不仅会造成各种运输方式间条块分割、政出多门、多头管理，不能形成高效的综合运输网络体系，还会导致资源的浪费和基础设施的重复建设。它不利于资源的优化整合，不利于充分发挥综合运输的整体效益，也不利于政府宏观管理的统一性。鉴于此，有专家建议由国家主管部门牵头成立统一管理与协调机构，这样能够综合协调整个多式联运各方面操作并致力于长远发展规划，推动多式联运发展和适应经济改革的需要；也有专家建议，在这方面行业协会也应充分发挥好协调沟通作用。“多式联运现在面临一个大问题，就是体制问题没有解决。管理的机制没有理顺，所以体制管理上比较松散和混乱。联运企业向省市政府反映问题，是没有话语权的。所以交通运输协会多式联运分会既要做好桥梁纽带工作，还要替全国联运企业向政府发言，做好政府方面的协调工作，为政府服务，为企业服务，为社会服务。”天津市联合运输办公室副主任黄洪山说。
    还要建立多式联运管理信息系统，实现多式联运参与者的信息共享。据记者了解，发达国家的运输系统都有先进的信息网络为多式联运服务。如德国公路、铁路和港口都有自己的信息网络，并且相互沟通，法兰克福的集装箱先由汽车从发货地运到铁路集装箱中转站，再由铁路运到汉堡港装船出海。当集装箱装上汽车以后，港口通过电子信息网络就可以知道该集装箱何时达到港口，从而安排航运班次。又如加拿大在多式联运中对计算机技术的广泛利用，以及各个环节的信息共享，为运输提供了良好的信息交换渠道。由于信息技术的应用，加拿大主要港、站均采用了EDI技术，实现了无纸化传输，运输效率明显提高。