但是，从保税物流中心试点至今只不过五六年的时间，发展还很不成熟，保税物流园（中心）面临着配套功能发挥不全面、区港联动不明显、政策法规不配套、服务功能雷同及监管效率、手段亟待优化等矛盾。

　　有分析人士指出，目前各有关部门和部分地方政府制定的规章，都从各自管理角度出发，缺乏具备更高法律效力的管理条例。造成相关部门和地方政府对保税港、保税区、出口加工区、保税物流园区、保税物流中心的政策定位的混乱，致使其遭遇政策之间不协调、不衔接、难以操作的尴尬。

　　此外，各类监管区域、场所联动发展和整体优势未充分发挥。其倡导的“一次申报、一次审单，一次查验”的通关模式，因为多种不同的监管区域、场所因政策有别、功能各异，使得企业在上述区域间结转货物手续烦琐，未能建立起科学有效的区域联动发展机制，在一程度上抬高入驻企业的物流成本。

　　而且，从目前一些保税物流园（中心）的运作情况来看，保税物流监管区域、场所功能设置的初衷与实际运行效果存在一定距离。有的园区受到区港间未实现“直通直卸”的影响，绝大部分为“境外一日游”替代业务，仅利用了园区的“入区退税”优势，与港口基本无关，对港口经济发展也难有直接的促进作用，与全面实现园区的国际中转、国际配送、国际采购和国际转口的功能还有较大差距。